Основоположником музейной деятельности является Яков Дмитриевич Брегеда. Яков Дмитриевич родился 1 октября 1939 г. в п. Бурли Карабалыкского  района, Костанайской области.

В 1966 году Яков Дмитриевич переезжает в с. Михайловка. В селе его очень удивила и привлекла Михайло-архангельская церковь 1852 года. Яков Дмитриевич начинает выяснять ее историю и историю с. Михайловка.

Уже в 1979-1980 г.г. по инциативе первого секретаря райкома партии Федякина А. В. и директора Михайловского з/совхоза Штольц Ф. Я.  специалистами из городов Киева и Ленинграда была произведена внутренняя рестраврация Михайло-Архангельской церкви. С 1980 по 1984 отремонтрированная церковь стояла без присмотра. В 1984 году в отреставрированном здании церкви началась работа по созданию музея на общественных началах. Соглосовав вопрос с директором Михайловского совхоза Штольц Ф. Я. Яков Дмитриевич увольняется из школы и начинает работать над открытием музея в церкви. В начале был просто сбор документационного материала по истории с. Михайловка, церкви. 

Решением исполкома Комсомольского районного Совета Народных депутатов за № 356 от 08.12.1986 года узаконено открытие музея на общественных началах.

До 1988 года музей был историко-краеведческим, а 1 марта 1988 года музей в с. Михайловка получает статус этнографического отдела Костанайского областного историко-краеведческого музея.

В начале Яков Дмитриевич работал научным сотрудником, потом, старшим, заведующим отделом. За время существования музея пришлось дважды  сворачивать и разворачивать экспозицию музея.

В 1993 году церковь отдали по ее назначению и музей перевели в здание Дома культуры с. Михайловка, а в 1997 году в здание Михайловской СШ, где он находился до 2004 года.

6 апреля 2004 года решением акима Карабалыкского района Нурмухамбетова Г. Т. музей был перевезен в п. Карабалык, как самостоятельное государственное учреждение. 9 июля 2004 года состоялось торжественное открытие.

В 2005 году с января месяца перевели на областное финансирование и музей стал именоваться ГУ «Карабалыкский историко-краеведческий музей» Управления культуры акимата Костанайской области. За это время произошли большие перемены, фонд музея пополнился интересными эксклюзивными экспонатами, было проведено немало мероприятий, выставок.

Постановлением акима Костанайской области Мухамбетова А.Б.  26 марта 2021 года Карабалыкский историко-краеведческий музей реорганизован в отдел Костанайского областного историко-краеведческого музея.